阮一骏教授的主要研究兴趣是阐明人类基因组中参与基因转录调控元件的结构和功能的动态相互作用。他所应用的策略是开发创新的基因组研究技术和先进的计算分析工具，并将其应用于研究I)小鼠ES细胞分化，II)人类造血干细胞和免疫细胞分化，以及III)癌症、自身免疫性和代谢性等复杂疾病。在此过程中，阮一骏教授的实验室开发了一系列技术来有效地描述转录组、基因组、表观基因组和3D基因组。他的团队首先开创了配对末端标记(PET)测序策略，用于高通量、无偏和定量的全长转录分析 （Wei et al., PNAS 2004, Ng et al., Nature Methods 2005）。现在，PET对端策略被广泛地应用于基于标记的测序实践中 （Fullwood et al., Genome Research 2011）。 然后，他们开发了用于全基因组染色质免疫沉淀测序的 方法（CHIP-PET， Wei et al., Cell 2006）。他们最显著的成就是开发了CHIA-PET来绘制全基因组远程染色质交互作用 （Fullwood et al., Nature 2009），标志了一个新兴学科领域地诞生，三维基因组生物学 (Ruan Science 2011)。他们将CHIA-PET应用于揭示人类基因组的研究揭示了三维基因组结构及基因转录调控的机制（Li et al., Cell 2012; Tang et al., Cell 2015）。他们最近开发的基于液滴和条形码连接策略(CHIA-Drop)，用于展示多维染色质相互作用与单分子单细胞的精度 （Zheng et al., Nature 2019），正在将三维基因组领域推进至一个新的高度。